一般情况下，当标准化通量下降10～15%时，或系统脱盐率下降10～15%，或操作压力及段间压差升高10～15%，应清洗RO系统。清洗频度与系统预处理程度有直接的关系，当SDI15<3时，清洗频度可能为每年4次;当SDI15在5左右时，清洗频度可能要加倍但清洗频度取决于每一个项目现场的实际情况。
在许多进水条件下，采用离子交换树脂或反渗透在技术上均可行，工艺的选择则应由经济性比较而定，一般情况下，含盐量越高，反渗透就越经济，含盐量越低，离子交换就越经济。由于反渗透技术的大量普及，采用反渗透+离子交换工艺或多级反渗透或反渗透+其它深度除盐技术的组合工艺已经成为公认的技术与经济更为合理的水处理方案，如需深入了解，请咨询水处理工程公司代表。
膜的使用寿命取决于膜的化学稳定性、元件的物理稳定性、可清洗性、进水水源、预处理、清洗频率、操作管理水平等。根据经济分析通常为5年以上。
很大允许二氧化硅的浓度取决于温度、pH值以及阻垢剂，通常在不加阻垢剂时浓水端很高允许浓度为100ppm，某些阻垢剂能允许浓水中的二氧化硅浓度很高为240ppm，请咨询阻垢剂供应商
反渗透(RO)非常致密，对病毒、噬菌体和细菌具有非常高的脱除率，至少在3log以上(脱除率>99.9%)。但是还须注意的是，在很多情况下，膜产水侧仍可能会出现微生物再次滋生，这主要取决于装配、监测和维护的方式，就是说，某一个系统的脱除微生物的能力关键取决于系统设计、操作和管理是否恰当而不是膜元件本身的性质。
膜系统是按连续运行作为设计基准的，但在实际操作时，总会有一定频度的开机和停机。当膜系统停机时，必须用其产水或经过预处理合格的水进行低压冲洗，从膜元件中置换掉高浓度但含阻垢剂的浓水。还应采取措施预防系统内水漏掉而引入空气，因为元件失水干掉的话，可能会产生不可逆的产水通量损失。如果停机小于24小时，则无需采取预防微生物滋生的措施。但停机时间超过上述规定，应采用保护液作系统保存或定时冲洗膜系统。
要求膜元件上的盐水密封圈装在元件进水端，同时开口面向进水方向，当给压力容器进水时，其开口(唇边)将进一步张开，完全封住进水从膜元件与压力容器内壁间的旁流。
当获得进水电导率数值时，必须将其转化成TDS数值，以便能在软件设计时输入。对于多数水源，电导率/TDS的比率为1.2～1.7之间，为了进行ROSA设计，海水选用1.4比率而苦咸水选用1.3比率进行换算，通常能够得到较好的近似换算率。
以下是污染的常见症状：
在标准压力下，产水量下降
为了达到标准产水量，必须提高运行压力
进水与浓水间的压降增加
膜元件的重量增加
膜脱除率明显变化(增加或降低)
当元件从压力容器内取出时，将水倒在竖起的膜元件进水侧，水不能流过膜元件，仅从端面溢出(表明进水流道完全堵塞)。
当保护液出现混浊时，很可能是因为微生物滋生之故。用亚硫酸氢钠保护的膜元件应每三个月查看一次。当保护液出现混浊时，应从保存密封袋中取出元件，重新浸泡在新鲜保护液中，保护液浓度为1%(重量)食品级亚硫酸氢钠(未经钴活化过)，浸泡约1小时，并重新密封封存，重新包装前应将元件沥干。
